Το Εργαστήριο μας πραγματοποιεί όλο το φάσμα των μοριακών εξετάσεων που απαιτεί η σύγχρονη Ιατρική με στόχο τον εντοπισμό της μετάλλαξης και κατά συνέπεια την εύρεση της καταλληλότερης θεραπείας για τον ασθενή.
Μεταλλάξεις
Ως μετάλλαξη χαρακτηρίζεται οποιαδήποτε μεταβολή στην αλληλουχία των νουκλεοτιδίων στην αλυσίδα του DNA.
Οι μεταλλάξεις διακρίνονται σε μικρής κλίμακας (small-scale) και μεγάλης κλίμακας/ανασυνδυασμού (large-scale).
Οι μεταλλάξεις μικρής κλίμακας αφορούν ένα (μεταλλαγή σημείου/point mutation) ή μερικά νουκλεοτίδια και περιλαμβάνουν τα φαινόμενα της αντικατάστασης ενός νουκλεοτιδίου με ένα άλλο, της διαγραφής όπου ένα ή μερικά νουκλεοτίδια αφαιρούνται από το DNA και της εισαγωγής όπου ένα ή μερικά νουκλεοτίδια προστίθενται στο DNA.
Οι μεταλλάξεις μεγάλης κλίμακας αφορούν ευρείες μεταβολές στη χρωμοσωμική δομή και αφορούν ενισχύσεις ή διπλασιασμούς γονιδίων, χρωμοσομικές αντιστροφές όπου προκύπτει αντιστροφή του προσανατολισμού ενός τμήματος χρωμοσώματος, χρωμοσωμικές διακινήσεις όπου προκύπτει ανταλλαγή γενετικού υλικού ανάμεσα σε μη ομόλογα χρωμοσώματα καθώς και μεγάλης κλίμακας διαγραφές ή εισαγωγές νουκλεοτιδίων.
Μεθυλίωση
Η μεθυλίωση του DNA είναι ένας επιγενετικός μηχανισμός κατά τον οποίον προστίθενται μεθυλικές ομάδες στις κυτοσίνες στο DNA με αποτέλεσμα να συμπιέζεται η χρωματίνη και να καταστέλλεται η γονιδιακή έκφραση. Στα καρκινικά κύτταρα συνηθέστερα παρατηρείται υπερμεθυλίωση υποκινητών ογκο-κατασταλτικών γονιδίων με αποτέλεσμα την απενεργοποίησή τους.
Γαμετικές και Σωματικές Μεταλλάξεις
Οι γαμετικές μεταλλάξεις έχουν τη δυνατότητα να κληρονομηθούν καθώς η μεταλλαγή συμβαίνει είτε στο ωάριο είτε στο σπερματοζωάριο.
Οι σωματικές μεταλλάξεις δεν κληρονομούνται και δεν ανευρίσκονται στα γεννητικά κύτταρα, ενώ προκύπτουν επίκτητα και σποραδικά στον πληθυσμό.
Η μοριακή παθολογία συνιστά τη χρήση μοριακών τεχνικών και δεικτών για την μελέτη ασθενειών.
Στην ιστοπαθολογία η μελέτη των μοριακών δεικτών συμπληρώνει την πληροφορία που παρέχεται από την ιστολογική εξέταση και χρησιμοποιείται για την εξατομίκευση της θεραπείας που θα ακολουθήσει ο ασθενής.
Εν γένει, η μελέτη των μοριακών δεικτών εξυπηρετεί τρείς σκοπούς, τη διάγνωση, την πρόγνωση και την πρόβλεψη, με αρκετούς δείκτες ωστόσο να παρουσιάζουν αλληλοεπικάλυψη και να συμβάλλουν σε περισσότερες από μία κατηγορία.
1) Αφορούν δείκτες οι οποίοι συνδράμουν στη διάγνωση
2) Στην παροχή και άντληση επιπλέον πληροφοριών οι οποίες θα συμβάλλουν στην ακριβέστερη διάγνωση.
3) Ολοένα αυξανόμενος αριθμός διαγνώσεων ορίζονται αποκλείστικα από τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας (ΠΟΥ/WHO) με βάση το μοριακό τους προφίλ.
4) Ορισμένοι δείκτες βοηθούν στην ταυτοποίηση υποκείμενων οικογενειακών συνδρόμων.
Οι συγκεκριμένοι δείκτες παρέχουν επιπλέον πληροφορίες για την επιθετικότητα του όγκου και κατά συνέπεια για την πρόγνωση του ασθενούς.
Προκειμένου να είναι χρήσιμοι, πρέπει να παρέχουν επιπλέον προγνωστική πληροφορία πέραν αυτής που παρέχεται από την ανοσοϊστοχημική χρώση.
Σε ορισμένες περιπτώσεις, η ανίχνευση ενός προγνωστικού παράγοντα μπορεί να επηρεάσει την απόφαση του ογκολόγου για το εαν θα δώσει συμπληρωματική χημειοθεραπεία στον ασθενή.
Για παράδειγμα, σε ασθενείς με καρκίνο μαστού η ανίχνευση υψηλού κινδύνου υποτροπής στο Oncotype Dx συνήθως θα προτρέψει τον ογκολόγο να προσφέρει συμπληρωματική χημειοθεραπεία στον ασθενή.
Οι προβλεπτικοί δείκτες κατά βάση προβλέπουν σε ποιες θεραπείες θα ανταποκριθεί ο όγκος.
Δείκτες που προβλέπουν την ανταπόκριση στη στοχευμένη θεραπεία.
Στοχεύοντας συγκεκριμένες μοριακές μεταβολές στα κύτταρα του όγκου, οι συγκεκριμένες θεραπείες έχουν ισχυρή δράση στα νεοπλασματικά κύτταρα, χωρίς παράλληλα να επιδρούν στα φυσιολογικά κύτταρα.
Η αγωγή συμπεριλαμβάνει:
1) Αναστολείς της τυροσινικής κινάσης
2) Αναστολείς της κινάσης της σερίνης/θρεονίνης
3) Αναστολείς της GTPασης
4) Μονοκλωνικά αντισώματα
5) Αναστολείς επιδιορθωτικών μηχανισμών του DNA (π.χ PARP inhibitors)
Η θεραπεία με τους παραπάνω φαρμακευτικούς παράγοντες βοηθά στην διατήρηση του καρκίνου ύπο έλεγχο και στην αποτροπή από περαιτέρω εξέλιξη και όχι στην ίασή του (cure).
Ωστόσο ο καρκίνος σταδιακά αποκτά αντίσταση στη θεραπεία (συνήθως 1 με 2 χρόνια από την έναρξή της):
1) Μπορεί να αναπτύξουν δευτερογενείς μεταλλαγές στο ίδιο γονίδιο που στοχεύεται
2) Μπορεί να αναπτύξουν άλλες μεταβολές στο γονίδιο που στοχεύεται (π.χ ενίσχυση)
3) Μπορεί να αναπτύξουν μοριακές μεταβολές σε μονοπάτια που παρακάμπτουν το γονίδιο που στοχεύεται.
Δείκτες που προβλέπουν την ανταπόκριση στην ανοσοθεραπεία
Η αγωγή με ανοσοθεραπευτικούς παράγοντες χειραγωγεί το ανοσοποιητικό σύστημα ώστε αυτό να στοχεύει τα κύτταρα του όγκου.
Τα σημεία ανοσιακού ελέγχου αποτελούν μόρια τα οποία εκφράζονται από κύτταρα του ανοσοποιητικού και μετριάζουν την ανοσολογική απόκριση.
Οι αναστολείς σημείων ελέγχου (ΑΣΕ) του ανοσοποιητικού συστήματος συνιστούν τύπο ανοσοθεραπείας που μπλοκάρει την λειτουργία των σημείων ανοσιακού ελέγχου. Ως αποτέλεσμα τα κύτταρα του όγκου να μην μπορούν να καταστείλουν την ανοσολογική απόκριση απέναντι στον όγκο και το ανοσοποιητικό σύστημα να στοχεύει τα νεοπλασματικά κύτταρα.
Οι ΑΣΕ βοηθούν στο να διατηρείται το νεόπλασμα ύπο έλεγχο, ωστόσο ολοένα αυξανόμενες αναφορές στη βιβλιογραφία αναφέρουν και θετικά αποτελέσματα στη θεραπεία του μεταστατικού καρκίνου.
Ορισμένοι δείκτες που συμβάλλουν στην πρόβλεψη της ανταπόκρισης στην ανοσοθεραπεία συμπεριλαμβάνουν:
1) Τον έλεγχο έκφρασης του PDL-1 με τη χρήση ανοσοϊστοχημείας (π.χ μη μικροκυτταρικό καρκίνο πνεύμονα (NSCLC), πλακώδες καρκίνωμα κεφαλής-τραχήλου, ουροθηλιακό καρκίνωμα, τριπλά αρνητικό καρκίνο μαστού, καρκίνο οισοφάγου)
2) Τον έλεγχο βλαβών των πρωτεϊνών του μηχανισμού επιδιόρθωσης και διατήρησης του DNA (MMR), όπως αυτές παρατηρούνται στον καρκίνο του παχέος εντέρου, στον καρκίνο του ενδομητρίου, σε καρκίνους του ανώτερου γαστρεντερικού συστήματος και στους καρκίνους του παγκρεατοχολικού συστήματος.
3) Την μέτρηση του μεταλλαγμένου φορτίου του όγκου (TMB) το οποίο αναφέρεται στην καταμέτρηση του αριθμού των μεταλλάξεων που φέρουν τα καρκινικά κύτταρα.
Μοριακές Εξετάσεις
Καρκίνος Παχέος Εντέρου:
1) Ανάλυση μικροδορυφορικής αστάθειας (MSI)
2) KRAS μεταλλάξεις
3) NRAS μεταλλάξεις
4) BRAF μεταλλάξεις
5) Panel προδιάθεσης καρκίνου παχέος εντέρου
Kληρονομούμενος μη πολυποδιακός καρκίνος του παχέος εντέρου και του ορθού (HNPCC)-Σύνδρομο Lynch
1) Ανάλυση μικροδορυφορικής αστάθειας (MSI)
2) Ανάλυση των πρωτεϊνών τoυ μηχανισμού επιδιόρθωσης του DNA MMR
3) BRAF V600E/K
4) Panel συνδρόμου Lynch
Οικογενής αδενοματώδης πολυποδίαση (FAP)
1) APC
2) Panel προδιάθεσης συνδρόμου πολυποδίασης
Καρκίνος μαστού/ωοθηκών (high-grade)
1) Ενίσχυση του βιοδείκτη HER-2
2) BRCA1/2 – κληρονομούμενες μεταλλάξεις
3) BRCA1/2 – MLPA (ελλείψεις/διπλασιασμοί)
4) BRCA1/2 κληρονομούμενες μεταλλάξεις και MLPA (ελλείψεις/διαπλασιασμοί)
5) BRCA1/2 σωματικές μεταλλάξεις
6) Panel προδιάθεσης καρκίνου μαστού/ωοθηκών
Καρκίνος τραχήλου μήτρας
HPV ανίχνευση και τυποποίηση
Καρκίνος θυρεοειδούς
1. BRAF V600E/K
2. RET (MEN2)
Καρκίνος παραθυρεοειδούς
Καρκίνος κεφαλής/τραχήλου
EGFR (γονιδιακή ενίσχυση)(7p12)
Άτυπος λιπωματώδης όγκος/καλά διαφοροποιημένο λιποσάρκωμα
MDM2 (12q14-q15) γονιδιακή ενίσχυση
Μη μικροκυτταρικός καρκίνος πνεύμονα
1) EGFR μετάλλαξη
2) BRAF V600E/K
3) KRAS μετάλλαξη
4) ALK ανακατατάξεις
5) ROS1 ανακατατάξεις
6) RET ανακατατάξεις
7) NTRK σύντηξη
8) PD-L1 έκφραση
9) PIK3CA-5 μεταλλάξεις
10) PIK3CA-11 μεταλλάξεις
12) MET γονιδιακή ενίσχυση
13) FGFR1 γονιδιακή
Μελάνωμα
1) BRAF V600E/K
2) BRAF (όλα τα εξώνια)
3) NRAS (εξώνια 2,3,4)
4) Panel προδιάθεσης κακοήθους μελανώματος
Στρωματικοί όγκοι γαστρεντερικού συστήματος (GIST)
1) KIT μετάλλαξη
2) PDGFRA μετάλλαξη
Ουροθηλιακό καρκίνωμα
1)PD-L1 έκφραση
Αδενοκαρκίνωμα στομάχου
1) Ενίσχυση του βιοδείκτη HER-2/neu
2) Panel προδιάθεσης γαστρικού καρκίνου
Καρκίνος παγκρέατος
Panel προδιάθεσης καρκίνου παγκρέατος
ALK
Τι είναι: Το γονίδιο ALK κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAF, RAS και MEK.
Αποτέλεσμα αυτής της σηματοδότησης είναι η κυτταρική αύξηση και ο κυτταρικός πολλαπλασιασμός.
Διαμεταθέσεις του ALK οι οποίες το φέρουν σε σύζευξη με άλλα γονίδια (π.χ ALK-EML4) οδηγούν στην υπερέκφραση του ALK ως τμήμα της χιμαιρικής πρωτεϊνης.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Στο μη μικροκυτταρικό καρκίνο πνεύμονα, η παρουσία ALK διαμεταθέσης προβλέπει την ευαισθησία στους αναστολείς της κινάσης της τυροσίνης (TKIs) (π.χ Crizotinib, Ceritinib, Alectinib)
Συχνότητα: Περίπου 2% των μη μικροκυτταρικών καρκινωμάτων πνεύμονα.
Συχνότερο στα βλεννώδη αδενοκαρκινώματα πνεύμονα.
Συχνότερο στους μη καπνιστες.
Σπανιότερα στα πλακώδη καρκινώματα πνεύμονα.
FGFR1
Τι είναι: Το γονίδιο FGFR1 κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAF, RAS και MEK.
Αποτέλεσμα αυτής της σηματοδότησης είναι η κυτταρική αύξηση και ο κυτταρικός πολλαπλασιασμός.
Οι ενισχύσεις του γονιδίου FGFR1 αποτελούν τις δεύτερες συχνότερες μεταλλάξεις στον μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα μετά από τις μεταλλάξεις του EGFR και είναι ακόμη πιο συχνές από τις διαμεταθέσεις των ALK, ROS1 και RET.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Στο μη μικροκυτταρικό καρκίνο πνεύμονα η ανεύρεση γονιδιακής ενίσχυσης του γονιδίου FGFR1 αποτελεί έναν από τους σημαντικότερους βιοδείκτες για τη θεραπεία του καρκίνου του πνεύμονα.
Συχνότητα: Η ενίσχυση του γονιδίου FGFR1 ανευρίσκεται στο 20% των πλακωδών καρκινωμάτων του καρκίνου του πνεύμονα.
APC
Τι είναι: Το γονίδιο APC κωδικοποιεί την πρωτείνη APC η οποία έχει κυρίαρχο ρόλο σε μια πληθώρα κυτταρικών διαδικασιών. Πιο συγκεκριμένα έχει ογκοκατασταλτική δράση αποτρέποντας έτσι τον ανεξέλεγκτο κυτταρικό πολλαπλασιασμό.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Η εξέταση γίνεται προκείμενου να ελεγχθεί η ύπαρξη ενός συνδρόμου γνωστού ως Οικογενής Αδενωματώδης Πολυποδίαση το οποίο αυξάνει τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου παχέος εντέρου και κληρονομείται με αυτοσωμικό επικρατή τρόπο. Το παραπάνω σύνδρομο δεν αφορά τους ασθενείς με μετάλλαξη του APC I1307K.
Συχνότητα: Το ποσοστό των ατόμων με Οικογενή Αδενωματώδη Πολυποδίαση κυμαίνεται από 1 στους 22.000 έως 1 στους 7.000, ενώ ένα ποσοστό ασθενών, περί το 30%, δεν έχουν κάποιο οικογενειακό ιστορικό της νόσου και είναι οι πρώτοι που εμφανίζουν την μετάλλαξη.
BRAF
Τι είναι: Το γονίδιο BRAF κωδικοποιεί την πρωτεϊνη B-Raf η οποία εμπλέκεται με διάφορους υποδοχείς τυροσινικής κινάσης. Η ενεργοποίησή του έχει ως αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό.
Η πιο συχνή γενετική μεταλλαγή της κινάσης αφορά την V600E.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
Μελάνωμα: Η ανίχνευση της μετάλλαξης BRAF V600E προβλέπει την ευαισθησία του νεοπλάσματος στους αναστολείς του BRAF και του ΜΕΚ.
ΜΜΚΠ: Η ανίχνευση της μετάλλαξης BRAF V600E προβλέπει την ευαισθησία του νεοπλάσματος στους αναστολείς του BRAF και του ΜΕΚ.
Καρκίνος παχέος εντέρου: Η ανίχνευση της μετάλλαξης BRAF V600E προβλέπει την ευαισθησία στον συνδυασμό BRAF αναστολέα με EGFR αναστολέα.
Καρκίνος θυρεοειδούς:
1. Η παρουσία μετάλλαξης BRAF V600E στο θηλώδες καρκίνωμα του θυρεοειδούς συσχετίζεται με περισσότερο επιθετική πορεία του καρκινώματος.
2. Στο αναπλαστικό καρκίνωμα του θυρεοειδούς η παρουσία BRAF V600E μετάλλαξης προβλέπει την ευαισθησία στην ανταπόκριση στους αναστολείς του BRAF (dabrafenib) και του ΜΕΚ (trametinib).
3. Η παρουσία μετάλλαξης στο BRAF V600E συνυγορεί υπέρ θηλώδους καρκίνου του θυρεοειδούς έναντι άλλων υποτύπων.
Συχνότητα:
Μελάνωμα: Περίπου το 50% των μελανωμάτων εμφανίζουν μετάλλαξη του BRAF, συχνότερα λόγω έκθεσης στην ηλιακή ακτινοβολία.
ΜΜΚΠ: Σε λιγότερο από 5% των περιπτώσεων. Πιθανώς συχνότερο στους μη-καπνιστές και στα αδενοκαρκινώματα με μικροθηλώδες πρότυπο ανάπτυξης.
Καρκίνος παχέος εντέρου: Παρατηρείται περίπου στο 10% των περιπτώσεων. Μοιράζεται παρόμοια κλινικοπαθολογοανατομικά χαρακτηριστικά με τους όγκους παχέος εντέρου με ανεπάρκεια των μηχανισμών επιδιόρθωσης των αταίριαστων βάσεων (dMMR).
Καρκίνος θυρεοειδούς: Ανευρίσκεται στο περίπου 50% των θηλωδών καρκινωμάτων του θυρεοειδούς, στο 20% των αναπλαστικών καρκινωμάτων του θυρεοειδούς, καθώς και στους πιο επιθετικούς ιστολογικούς υποτύπους (π.χ tall cell).
BRCA1/2
Τι είναι: Τα γονίδια BRCA1/2 κωδικοποιούν πρωτεϊνες οι οποίες συμβάλλουν στην επιδιόρθωση βλαβών που έχουν προκύψει και στις δύο αλυσίδες του DNA μέσω γενετικού ανασυνδυασμού. Εάν τα BRCA1/2 είναι μη λειτουργικά τότε οι βλάβες του DNA συσσωρεύονται.
Οι μεταλλάξεις BRCA1 και BRCA2 μπορεί να προκύψουν είτε από γονιδιακές (κληρονομούμενες) ή σωματικές μεταλλάξεις.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
1. Καρκίνος ωοθηκών. Η παρουσία μεταλλάξεων που απενεργοποιούν τα γονίδια BRCA1/2 προβλέπουν την ευαισθησία στους αναστολείς του PARP.
2. Καρκίνος μαστού. Οι γυναίκες με καρκίνο του μαστού σχετιζόμενο με μετάλλαξη BRCA έχουν ως και 40% πιθανότητα να αναπτύξουν ένα νέο πρωτοπαθή καρκίνο του μαστού μέσα σε 10 χρόνια από την διάγνωση εάν δεν λάβουν θεραπεία.
Συχνότητα:
1. Περίπου 25% των υψηλόβαθμης κακοήθειας ορωδών καρκινωμάτων της ωοθήκης
2. Η συχνότητα των BRCA1/2 μεταλλάξεων στον καρκίνο του μαστού ανευρίσκονται σε ποσοστό 5-7% στην κοινότητα.
EGFR
Τι είναι: Το γονίδιο EGFR (epidermal growth factor receptor) κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα οδηγεί στην ενεργοποίηση των σηματοδοτικών μονοπατιών RAS, RAF και MEK, οδηγώντας σε ανεξέλεγκτο κυτταρικό πολλαπλασιασμό. Οι συχνότερες μεταλλάξεις αφορούν το L858R και διαγραφές του εξωνίου 19. Οι μεταλλάξεις στο εξώνιο 20 προκαλούν αντίσταση στη θεραπεία με αναστολείς της τυροσινικής κινάσης. Ειδικότερα η μετάλλαξη T790M στο εξώνιο 20 οδηγεί σε αντίσταση στους πρώτης και δεύτερης γενιάς αναστολείς της τυροσινικής κινάσης (TKIs) αλλά ανταποκρίνονται στους τρίτης γενιάς TKIs (osimertinib).
Γιατί γίνεται η εξέταση: Στο ΜΜΚΠ η παρουσία EGFR μεταλλάξεων προβλέπουν την ευαισθησία στους αναστολείς της τυροσινικής κινάσης.
Συχνότητα: Περίπου στο 10-15% του Δυτικού κόσμου
1. Κυρίως σε γυναίκες μη-καπνίστριες
2. Συχνότερα στην Ανατολική Ασία
3. Συχνότερα στα αδενοκαρκινώματα, και ιδιαίτερα στα καλά διαφοροποιημένα
HER-2
Τι είναι: Το HER-2 κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης ο οποίος βρίσκεται στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAS, RAF και ΜΕΚ με αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και πολλαπλασιασμό. Παράλληλα, η ενίσχυση του γονιδίου ΗΕR-2 οδηγεί στην υπερέκφραση της πρωτεϊνης κάνοντας το κύτταρο επιρρεπές στη δραστηριότητα του HER-2 και οδηγώντας σε ανεξέλεγκτο κυτταρικό πολλαπλασιασμό.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Στα καρκινώματα του μαστού, του στομάχου, του παχέος εντέρου, των σιελογόνων αδένων και στα ενδομητρικά ορώδη καρκινώματα η παρουσία ενίσχυσης του βιοδείκτη HER-2 προβλέπει την ευαισθησία της ανταπόκρισης του νεοπλάσματος σε θεραπεία με anti-HER-2 μονοκλωνικά αντισώματα (π.χ trastuzumab, pertuzumab).
Συχνότητα:
1. Στο 20% των καρκινωμάτων του μαστού; συχνότερα στα υψηλόβαθμης κακοήθειας (Grade) αδενοκαρκινώματα του μαστού, χωρίς ειδικούς χαρακτήρες (NST)
2. Στο 10-20% των αδενοκαρκινωμάτων του στομάχου; συχνότερα εμφανίζεται σε άτομα μεγαλύτερης ηλικίας και σε εντερικού τύπου αδενοκαρκινώματα της γαστροοισοφαγικής συμβολής
3. Στο 5% των καρκινωμάτων παχέος εντέρου
4. Στο 50% του πορογενούς αδενοκαρκινώματος των σιελογόνων αδένων και του καρκινώματος εκ πλειομόρφου αδενώματος
5. Στο 25-30% του ενδομητρικού ορώδους καρκινώματος
KIT
Τι είναι: Το KIT κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης ο οποίος βρίσκεται στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAS, RAF και ΜΕΚ με αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και πολλαπλασιασμό.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
1. GIST: Η παρουσία μετάλλαξεων του ΚΙΤ προβλέπει την ευαισθησία του νεοπλάσματος στους αναστολείς της τυροσινικής κινάσης (π.χ imatinib, sunitinib)
2. Μελάνωμα: Η παρουσία μετάλλαξεων του ΚΙΤ προβλέπει την ευαισθησία του νεοπλάσματος στους αναστολείς της τυροσινικής κινάσης (π.χ imatinib)
Συχνότητα:
1. Ανευρίσκεται στη πλειόνοτητα των GIST; περίπου στο 60% των GIST του στομάχου και στο 90% των εξωγαστρεντερικών GIST
2. Στο 1/3 των μελανωμάτων των άκρων
PDGFRA
Τι είναι: Το PDGFRA κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης ο οποίος βρίσκεται στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAS, RAF και ΜΕΚ με αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και πολλαπλασιασμό.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
GIST: Η παρουσία μετάλλαξεων του PDGFRA προβλέπει την ευαισθησία του νεοπλάσματος στους αναστολείς της τυροσινικής κινάσης (π.χ imatinib, sunitinib), ενώ η μετάλλαξη D842V σχετίζεται με αντίσταση στη θεραπεία.
Συχνότητα: Παρατηρείται στο 10% περίπου των GIST, κυρίως του στομάχου.
KRAS
Τι είναι: Η πρωτείνη K-Ras που κωδικοποιείται από το γονίδιο KRAS αποτελεί τμήμα του σηματοδοτικού μονοπατιού RAS/MAPK, η ενεργοποίηση του οποίου οδηγεί σε κυτταρική αύξηση και κυτταρικό πολλαπλασιαμό. Οι συχνότερες μεταλλάξεις εντοπίζονται στα κωδικόνια 12 και 13.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
1. Καρκίνος παχέος εντέρου: Η παρουσία παθογόνων KRAS (ή NRAS) μεταλλάξεων προβλέπει την αντίσταση στη θεραπεία με anti-EGFR μονοκλωνικά αντισώματα.
2. ΜΜΚΠ: Η παρουσία KRAS G12C μεταλλάξεων προβλέπει την ευαισθησία στους αναστολείς του KRAS.
3. Καρκίνος θυρεοειδούς: Η παρουσία KRAS (ή NRAS/HRAS) μεταλλάξεων προβλέπει πιο ήπια πορεία της νόσου.
Συχνότητα: Εντοπίζεται στο 40-50% των καρκίνων του παχέος εντέρου και στο 30% των ΜΜΚΠ, με το 10-15% να εμφανίζει μετάλλαξη του KRAS-G12C.
MMR
Τί είναι: Αποτελεί το σύστημα μηχανισμού επιδιόρθωσης και διατήρησης του DNA (MMR) υπεύθυνο για την επιδιόρθωση βλαβών του DNA που αποτελείται από τις πρωτεϊνες MLH1, PMS2, MSH2 και MSH6. Κατά κανόνα το MLH1 απενεργοποιείται είτε από μεταλλάξεις (συνήθως γαμετικές) ή μέσω υπερμεθυλίωσης του εκκινητή του γονιδίου (συνήθως σωματική). Αντίθετα τα MSH2, PMS2 και MSH6 απενεργοποιούνται συνηθέστερα από γαμετικού τύπου μεταλλάξεις.
Τα γαμετικού τύπου σφάλματα στο MMR παρατηρούνται στα ακόλουθα σύνδρομα:
1. Lynch syndrome (αυτοσωμική επικρατής κληρονομικότητα), που χαρακτηρίζεται από αυξημένο κίνδυνο εμφάνισης καρκινωμάτων παχέος εντέρου, ενδομητρίου, ουροθηλίου και ανώτερου γαστρεντερικού σωλήνα και παγκρεατος-χοληφόρων.
2. Muir-Torre syndrome (αυτοσωμική επικρατής κληρονομικότητα), το οποίο επιπλέον των ανωτέρων χαρακτηρίζεται από νεοπλάσματα των σμηγματογόνων αδένων και πολλαπλά κερατοακανθώματα.
3. Θεμελιώδες σύνδρομο ανεπάρκειας MMR (αυτοσωμική υπολειπόμενη κληρονομικότητα), το οποίο αποτελεί σπάνια οντότητα η οποία χαρακτηρίζεται από εμφάνιση καρκίνων του ίδιου τύπου με το σύνδρομο Lynch, και επιπλέον αιματολογικούς όγκους και νεοπλάσματα του κεντρικού νευρικού συστήματος. Συναντάται συχνότερα στη παιδική και προεφηβική ηλικία.
Ένα νεόπλασμα το οποίο εμφανίζει απώλεια έκφρασης οποιασδήποτε MMR πρωτεϊνης θεωρείται ότι εμφανίζει ανεπάρκεια του μηχανισμού επιδιόρθωσης κακώς ζευγαρωμένων βάσεων (MMR deficient-dMMR).
Γιατί γίνεται η εξέταση:
1. Στο καρκίνο παχέος εντέρου, οι κατευθυντήριες οδηγίες κατά NICE (National Institute for Health and Clinical Excellence), συνιστούν τον ανοσοϊστοχημικό έλεγχο για ανεπάρκεια του MMR σε όλους τους πρωτοδιεγνωσμένους όγκους.
-Η απώλεια έκφρασης μπορεί να υποδηλώνει γαμετικού τύπου ανεπάρκεια MMR, ανάλογα με το πρότυπο της απώλειας.
– Η ύπαρξη ανεπάρκειας του MMR προβλέπει την ευαισθησία στην ανοσοθεραπεία με αναστολείς των σημείων ελέγχου του καρκίνου.
– Η ύπαρξη ανεπάρκειας του MMR προβλέπει, επίσης, μια πιο ήπια πορεία της νόσου.
2. Στον καρκίνο του ενδομητρίου, οι κατευθυντήριες οδηγίες κατά NICE, συνιστούν τον ανοσοϊστοχημικό έλεγχο για ανεπάρκεια του MMR σε όλους τους νεοδιεγνωσμένους καρκίνους.
-Η απώλεια έκφρασης μπορεί να υποδηλώνει γαμετικού τύπου ανεπάρκεια MMR, ανάλογα με το πρότυπο της απώλειας.
– Η ύπαρξη ανεπάρκειας του MMR προβλέπει την ευαισθησία στην ανοσοθεραπεία με αναστολείς των σημείων ελέγχου του καρκίνου.
Συχνότητα:
1. Περίπου στο 15% των καρκίνων του παχέος εντέρου, η πλειονότητα των οποίων οφείλεται σε σωματικού τύπου μεταλλάξεις. Συχνότερα παρατηρείται στα καρκινώματα στο δεξιό κόλον, χαμηλής διαφοροποίησης και βλεννώδους ιστολογικής ποικιλίας που συνοδεύονται από έντονη ανοσιακή αντίδραση.
2. Παρατηρούνται στο 20-25% των καρκινωμάτων του ενδομητρίου, η πλειονότητα των οποίων οφείλεται σε σωματικού τύπου μεταλλάξεις. Συχνότερα εντοπίζεται στα ενδομητριοειδή και μεικτά καρκινώματα, καθώς και στα αδιαφοροποίητα και αποδιαφοροποιήμενα νεοπλάσματα του ενδομητρίου. Επιπλέον, παρατηρούνται κυρίως σε καρκινώματα υψηλόβαθμης κακοήθειας που συνοδεύονται από έντονη ανοσιακή αντίδραση.
MSI
Τί είναι: Οι μικροδορυφόροι είναι βραχείες επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες DNA. Η μικροδορυφορική αστάθεια προκύπτει σε νεοπλάσματα με ανεπάρκεια του MMR και μπορεί να προκύψει είτε μέσω σωματικών ή γαμετικών μεταβολών.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Η εξέταση πραγματοποιείται για τις ίδιες παθήσεις για τις οποίες πραγματοποιείται ο έλεγχος ανεπάρκειας του MMR. Γενικότερα, ο ανοσοϊστοχημικός έλεγχος για MMR ή ο έλεγχος μικροδορυφορικής αστάθειας (MSI) παρέχουν παρόμοια ποσοστά ευαισθησίας και ειδικότητας και συνεπώς μπορούν να χρησιμοποιούνται αμφότερα.
NRAS
Τί είναι: Το γονίδιο NRAS κωδικοποιεί την πρωτεϊνη N-Ras η οποία εμπλέκεται κατ’ εξοχήν στον έλεγχο της κυτταρικής διαίρεσης. Οι μεταλλάξεις στο γονίδιο NRAS ενεργοποιούν το κυτταρικό μονοπάτι RAS-RAF-MAPK με αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό. Οι συχνότερες μεταλλάξεις προκύπτουν στα κωδικόνια 12 και 13.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
1. Καρκίνος παχέος εντέρου. Η παρουσία παθογόνων NRAS (ή KRAS) μεταλλάξεων προβλέπει την αντίσταση στη θεραπεία με anti-EGFR μονοκλωνικά αντισώματα.
2. Μελάνωμα. Η παρουσία παθογόνων NRAS μεταλλάξεων προβλέπει, εν μέρει, την ευαισθησία στους αναστολείς του MEK (π.χ trametinib).
Συχνότητα:
1. Εντοπίζεται στο 40-50% των καρκινωμάτων του παχέος εντέρου
2. Παρατηρείται στο 15-20% των μελανωμάτων που προκύπτουν τόσο στις εκτιθέμενες όσο και στις μη-εκτιθέμενες επιφάνειες του δέρματος.
PD-L1
Τί είναι: Τα νεοπλασματικά κύτταρα υποκρύπτουν πληθώρα μεταλλάξεων και συνεπώς παράγουν μεγάλο αριθμό ελαττωματικών πρωτεϊνών (νεοαντιγόνα). Τα νεοαντιγόνα φυσιολογικά αναγνωρίζονται ως ξένα από τα κύτταρα του όγκου με αποτέλεσμα την ανοσο-επαγόμενη καταστροφή τους. Ορισμένοι όγκοι εκφράζουν σημεία ελέγχου (immune checkpoints) τα οποία προσδένονται σε μόρια στα ανοσοκύτταρα και προκαλούν είτε την απενεργοποίησή τους, είτε τα υποβάλλουν σε διαδικασία απόπτωσης. Οι αναστολείς των σημείων ελέγχου αποτρέπουν τη λειτουργία των σημείων ελέγχου και με αυτόν τον τρόπο δεν παρεμβάλλουν στην ανοσο-επαγόμενη καταστροφή των νεοπλασματικών κυττάρων.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
1. ΜΜΚΠ: Τα επίπεδα έκφρασης PD-L1 καθορίζουν την δυνατότητα των ασθενών να λάβουν είτε μονοθεραπεία με αναστολείς σημείων ελέγχου (ΑΣΕ) είτε σε συνδυασμό με χημειοθεραπεία (pembrolizumab).
2. Ουροθηλιακό καρκίνωμα: Τα επίπεδα έκφρασης PD-L1 καθορίζουν την συμβατότητα των ασθενών με ΑΣΕ (atezolizumab, pembrolizumab).
3. Πλακώδες καρκίνωμα κεφαλής/τραχήλου: Τα επίπεδα έκφρασης PD-L1 καθορίζουν την συμβατότητα των ασθενών με ΑΣΕ (atezolizumab, nivolumab).
4. Καρκίνος οισοφάγου: Τα επίπεδα έκφρασης PD-L1 καθορίζουν την συμβατότητα των ασθενών με ΑΣΕ (atezolizumab, nivolumab).
5. Τριπλά αρνητικός καρκίνος μαστού: Τα επίπεδα έκφρασης PD-L1 καθορίζουν την συμβατότητα των ασθενών με ΑΣΕ (atezolizumab).
6. Μελάνωμα: Τα επίπεδα έκφρασης PD-L1 καθορίζουν την δυνατότητα των ασθενών να λάβουν είτε μονοθεραπεία με ΑΣΕ είτε συνδυασμό δύο ΑΣΕ (nivolumab ή nivoluma-ipilimumab).
RET
Τί είναι: Το πρωτο-ογκογονίδιο RET κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης ο οποίος βρίσκεται στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAS, RAF και ΜΕΚ με αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και πολλαπλασιασμό.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
1. ΜΜΚΠ: Η παρουσία συντήξεων του γονιδίου RET προβλέπει την ευαισθησία στους αναστολείς του RET (π.χ selpercatinib, pralsetinib)
2. Καρκίνος θυρεοειδούς: Η παρουσία συντήξεων του γονιδίου RET προβλέπει την ευαισθησία στους αναστολείς του RET (selpercatinib)
Συχνότητα:
1. Εντοπίζεται στο περίπου 1-2% των ΜΜΚΠ και κυρίως στα αδενοκαρκινώματα σε μη-καπνιστές
2. Εντοπίζεται στο 10-20% του θηλώδους καρκινώματος του θυρεοειδούς
ROS1
Τί είναι: Το πρωτο-ογκογονίδιο ROS1 κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης ο οποίος βρίσκεται στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAS, RAF και ΜΕΚ με αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και πολλαπλασιασμό.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Στο ΜΜΚΠ η παρουσία ROS1 ανακατατάξεων προβλέπουν την ευαισθησία στους αναστολείς τυροσινικής κινάσης (π.χ crizotinib)
Συχνότητα: Εντοπίζεται σε περίπου 1% των ΜΜΚΠ, συχνότερα στα αδενοκαρκινώματα και σε γυναίκες μη-καπνίστριες
PIK3CA
Τί είναι: Το γονίδιο PIK3CA κωδικοποιεί την καταλυτική α-υπομονάδα του PI3K μονοπατιού σηματοδότησης το οποίο εμπλέκεται σε πολλαπλές βιολογικές λειτουργίες του κυττάρου και η μετάλλαξη του οποίου έχει ως αποτέλεσμα τον ανεξέλεγκτο κυτταρικό πολλαπλασιασμό. Οι συχνότερες μεταλλαγές εντοπίζονται στο εξώνιο 9 και 20.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
1. Luminal A καρκινώματα μαστού: Η παρουσία PIK3CA μεταλλάξεων προβλέπουν την ευαισθησία στους αναστολείς του PIK3CA (π.χ alpelisib)
2. MMKP: Η παρουσία PIK3CA μεταλλάξεων προβλέπουν την ευαισθησία στους αναστολείς του PIK3CA
Συχνότητα:
1. Εντοπίζεται στο 30-40% των ορμονο-ευαίσθητων καρκινωμάτων του μαστού
2. Eντοπίζεται σε λιγότερο από 5% των ΜΜΚΠ και συχνότερα στα πλακώδη καρκινώματα του πνεύμονα
NTRK
Τί είναι: Τα γονίδια NTRK1, NTRK2 και NTRK3 κωδικοποιούν στην επιφάνεια των κυττάρων τους υποδοχείς τυροσινικής κινάσης TrkA, TrkB και ΤrkC. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAS, RAF και ΜΕΚ με αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και πολλαπλασιασμό. Οι διαμεταθέσεις οδηγούν σε σύντηξη NTRK γονιδίων με αποτέλεσμα των ανεξέλεγκτο κυτταρικό πολλαπλασιασμό.
Γιατί γίνεται η εξέταση:
ΜΜΚΠ: Η παρουσία συντήξεων NTRK γονιδίων προβλέπουν την ανταπόκριση του όγκου στους αναστολείς της τυροσινικής κινάσης
Συχνότητα: Εντοπίζεται στο 1,7% των ΜΜΚΠ
MET
Τί είναι: Το πρωτο-ογκογονίδιο MET κωδικοποιεί έναν υποδοχέα της τυροσινικής κινάσης ο οποίος βρίσκεται στην επιφάνεια των κυττάρων. Η πρόσδεση στον υποδοχέα ενεργοποιεί τα σηματοδοτικά μονοπάτια RAS, RAF και ΜΕΚ με αποτέλεσμα την κυτταρική αύξηση και πολλαπλασιασμό.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Η διεθνής βιβλιογραφία αναφέρει πως οι ενισχύσεις στο MET στα ΜΜΚΠ προβλέπουν την ανταπόκριση του όγκου στους αναστολείς τυροσινικής κινάσης, χωρίς ωστόσο να έχουν προστεθεί ακόμη στις κατευθυντήριες οδηγίες κατά NICE. Επιπλέον η ενίσχυση στο ΜΕΤ συνιστά μηχανισμό δευτεροπαθούς αντίστασης στους αναστολείς τυροσινικής κινάσης στα EGFR μεταλλαγμένα ΜΜΚΠ.
Συχνότητα: Εντοπίζεται στο 5% των ΜΜΚΠ.
MEN1
Τι είναι: Το γονίδιο MEN1 κωδικοποιεί την πρωτεϊνη μενίνη, η οποία με τη σειρά της δρα ογκοκατασταλτικά και έχει συσχετιστεί με το σύνδρομο πολλαπλούς ενδοκρινικής νεοπλασίας τύπου 1. Η μενίνη ελέγχει τις επιγενετικές μεταβολές και επιδρά στη δομή της χρωματίνης μέσω τροποποίησης των ιστονών.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Ελέγχεται στην πρωτοπαθή υπερπλασία του παραθυρεοειδούς για την συνύπαρξη του συνδρόμου MEN1.
Συχνότητα: Εντοπίζεται σε 1 στους 30.000 ανθρώπους.
MDM2
Τι είναι: Το πρωτοογκογονίδιο MDM2 κωδικοποιεί την πρωτεϊνη Mdm2 η οποία δρα ανασταλτικά στο ογκοκατασταλτικό γονίδιο p53.
Γιατί γίνεται η εξέταση: Η γονιδιακή ενίσχυση του MDM2 εντοπίζεται, μεταξύ άλλων, στον άτυπο λιπωματώδη όγκο/καλά διαφοροποιημένο λιποσάρκωμα καθώς και στο αποδιαφοροποιημένο λιποσάρκωμα, επιτρέποντας τη διαφοροδιάγνωσή τους από τους μιμητές τους.
HPV ανίχνευση και τυποποίηση
Αφορά τη μοριακή ανίχνευση του ιού των ανθρωπίνων θηλωμάτων (HPV) με τη μέθοδο PCR και στη περαιτέρω τυποποίηση των στελεχών του ιού HPV. Με αυτόν τον τρόπο ελέγχεται το ενδεχόμενο μόλυνσης από τον ιό HPV καθώς και η προσβολή από χαμηλού ή υψηλού κινδύνου στελέχη του ιού.
Panel προδιάθεσης καρκίνου παχέος εντέρου
Panel ελέγχου 17 γονιδίων τα οποία σχετίζονται με τον κληρονομούμενο καρκίνο παχέος εντέρου. Ο έλεγχος γίνεται μέσω αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) και αφορά τα γονίδια APC, MLH1, MSH2, MSH6, BMPR1A, CDH1, CHECK2, EPCAM, SMAD4, STK11, TP53, GREM1, MUTYH, PMS2, POLD1, POLE, PTEN.
Panel συνδρόμου Lynch
Panel ελέγχου 5 γονιδίων σχετιζόμενα με τον κληρονομούμενο μη πολυποδιακό καρκίνο του παχέος εντέρου (σύνδρομο Lynch). Ο έλεγχος γίνεται μέσω αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) και αφορά τα γονίδια EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6 και PSM2.
Panel προδιάθεσης συνδρόμου πολυποδίασης
Panel ελέγχου 8 γονιδίων σχετιζόμενα με το σύνδρομο οικογενούς αδενωματώδους πολυποδίασης (FAP). Ο έλεγχος γίνεται μέσω αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) και αφορά τα γονίδια BMPR1A, APC, MUTYH, NTHL1, POLE, POLD1, STK11, SMAD4.
Panel προδιάθεσης γαστρικού καρκίνου
Panel ελέγχου 14 γονιδίων τα οποία σχετίζονται με τον γαστρικό καρκίνο. Ο έλεγχος γίνεται μέσω αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) και αφορά τα γονίδια CDH1, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD4, STK11, APC, BMPR1A, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, TP53.
Panel προδιάθεσης καρκίνου παγκρέατος
Panel ελέγχου 17 γονιδίων τα οποία σχετίζονται με τον καρκίνο παγκρέατος. Ο έλεγχος γίνεται μέσω αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) και αφορά τα γονίδια APC, PALB2, SMAD4, ATM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDK4, STK11, TP53, PMS2, CDKN2A, EPCAM, MEN1, MLH1, MSH2, MSH6.
Panel προδιάθεσης καρκίνου μαστού/ωοθηκών
Panel ελέγχου 26 γονιδίων τα οποία σχετίζονται με τον κληρονομούμενο καρκίνο παγκρέατος. Ο έλεγχος γίνεται μέσω αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) και αφορά τα γονίδια BRCA1, BRCA2, BRIP1, PALB2, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, RAD50, RAD51C, RAD51D, SMARCA4, STK11, TP53, CDH1, CHEK2, DICER1, ΑΤΜ, ΒΑRD1, EPCAM, MLH1, MRE11, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN.
Panel προδιάθεσης κακοήθους μελανώματος
Panel ελέγχου 7 γονιδίων τα οποία σχετίζονται με το κακόηθες μελάνωμα. Ο έλεγχος γίνεται μέσω αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) και αφορά τα γονίδια ΒΑP1, CDKN2A, PTEN, RB1, BRCA2, CDK4, TP53.
